Das zweite Arbeitsprogramm wurde im Mai 2019 in Paris auf der siebten Plenarsitzung (IPBES-7) verabschiedet und löst das Arbeitsprogramm 2014–2018 ab. Der flexible und partizipative Ansatz („rolling programme“) ermöglicht die Anpassung und Ausrichtung des Programmes, je nach Forschungs- und Informationsbedarf. Die in der Gründungsresolution verabschiedeten Kernziele wurden querschnittsartig in das neue Programm aufgenommen. Dabei handelt es sich um folgende Ziele:

1. Der Aufbau kritischer Kapazitäten und das Bereitstellen von Finanzierungsmöglichkeiten.
2. Die Identifikation und Priorisierung der notwendigen wissenschaftlichen Schlüsselinformationen für politische Entscheidungstragende sowie die Intensivierung neues Wissen zu generieren, indem u. a. mit wissenschaftlichen Organisationen, politischen Entscheidungstragenden und Stiftungen der Dialog gesucht wird, ohne jedoch dabei eigene Forschung zu betreiben.
3. Die Erhebung regulärer Berichte über den Wissenstand in den Bereichen der Biodiversität, Ökosystemdienstleistungen und deren Verkettung auf sub-regionaler, regionaler und globaler Ebene.
4. Die Kommunikation und Evaluation der IPBES-Aktivitäten, -Ergebnisse und -Erkenntnisse (beispielsweise in Form von Assessments), um die Politik bei der Implementierung dieser zu unterstützen.

Über die grundlegenden Aufgaben hinaus legt sich das Arbeitsprogramm bis 2030 auf drei unabhängige und sich überschneidende Themen fest, welche die Schnittstelle von Wissenschaft und Politik in Hinblick auf die Biodiversität und Ökosystemdienstleistungen stärken sollen. Dabei wird dies jeweils unter einem besonderen Gesichtspunkt betrachtet: Das erste Ziel („objective A“) gewichtet besonders die Erhaltung und nachhaltige Nutzung von Leben auf dem Land sowie unter Wasser und das gleichzeitige Erreichen von Nachhaltigkeitszielen. Im zweiten Ziel („objective B“) ist die 2050 Vision der Biodiversität verankert. Die Vision besagt, dass bis 2050 Biodiversität wertgeschätzt, erhalten, wiederhergestellt und bedacht genutzt werden soll. Ferner sollen sowohl ein gesunder Planet als auch damit verbundene essentielle Erträge für die Gesundheit und das Wohlergehen der Menschen erhalten bleiben. Schließlich umfasst das dritte Ziel („objective C“) die nachhaltige Nutzung von Leben an Land und unter Wasser im Kontext des Klimawandels, welcher durch naturbasierte Lösungen gemildert und angepasst werden soll.

Jedes dieser Ziele wird durch mehrere Arbeitspakete und aufgabenbezogene Task Forces unterstützt. Nebst Aufbau der Kapazitäten und Finanzierungen wird so die Kommunikation zwischen Wissenschaft, Politik und produktiven Sektoren gestärkt. Ferner werden thematische Assessments erhoben und Wissen mobilisiert. Außerdem haben sich bestimmte Tätigkeiten, ausgehend von den Erfahrungen des letzten Arbeitsprogramms, für die Erfüllung der Ziele als nützlich erwiesen. Dazu gehört die Arbeit mit lokalem bzw. indigenem Wissen, Szenarien sowie Modellen und die Kommunikation mit Stakeholder*innen. Sowohl die Arbeitspakete als auch die Tätigkeiten stehen im Zusammenhang mit den vier Grundaufgaben von IPBES (Assessmenterstellung, Politikunterstützung, Kapazitätsaufbau und Kommunikation). Schließlich wird weiterhin der Kontakt mit Regierungen, insbesondere durch die „National Focal Points“, den vier Organisationen der Vereinten Nationen (u. a. das UN Umweltprogramm und das UN Entwicklungsprogramm), strategischen Partner*innen und einer größeren Anzahl von partnerschaftlichen Unterstützenden, die durch eigene Arbeit ihren Beitrag leisten, gesucht.