Der mehrdeutige Begriff „Transgen” benennt in erster Linie ein Gen, welches durch ein geeignetes Genkonstrukt von einer Spezies auf eine andere übertragen wurde. Darüber hinaus werden Pflanzen, Tiere oder Mikroorganismen, in deren Erbgut das Gen einer anderen Spezies eingeführt wurde, als transgen bezeichnet (z. B. „transgene Pflanzen”). Schließlich können auch jene Organismen unter diesen Begriff fallen, deren Genom bereits im frühen Embryonenstadium verändert wurde.