Das Auftreten von „off-target-Effekten“ ist vor allem auf die Spezifität der DNA-Sequenz zurückzuführen, an die die Genomschere „andocken“ soll. Ist die DNA-Sequenz für den `suchenden` Teil der Genschere schwer zu erkennen und/oder leicht mit einer anderen zu verwechseln, treten häufiger off-target-Effekte auf. Auch sind bestimmte Zellen etwa von bestimmten Organen, die infolge einer Erkrankung in ihrer Funktion beeinträchtigt sind und daher therapiert werden sollen, für die Verfahren der Genomeditierung zum Teil schwerer erreichbar. Dies ist darauf zurückzuführen, dass die Editierungswerkzeuge insbesondere mithilfe von viralen Vektoren zu den zu verändernden Zellen gebracht werden müssen, dieser Transport aber unterschiedlich effizient ist, je nach Typ und Verortung der Zellen im menschlichen Körper.