In dem ersten Arbeitsprogramm bildeten vier übergeordnete Ziele den Handlungsrahmen:

1. Aufbau von Kapazitäten und Wissensgrundlagen an der Schnittstelle zwischen Politik und Wissenschaft,
2. auf und zwischen regionaler, sub-regionaler und globaler Ebene sollte die Schnittstelle zwischen Politik und Wissenschaft zu Biodiversität sowie Ökosystemleistung gestärkt werden,
3. ferner sollte die Schnittstelle hinsichtlich methodologischer und thematischer Fragestellungen durch sogenannte Assessments gestärkt und
4. die IPBES-Aktivitäten, -Ergebnisse und -Erkenntnisse (beispielsweise in Form von Assessments) kommuniziert und evaluiert werden.

Die genannten Themen sollten bis 2017 für Afrika, Asien, Europa und Lateinamerika transparent gemacht werden und fanden ihren Abschluss 2019 im Globalen IPBES-Assessment zur Biodiversität und Ökosystemleistungen, welcher auf den kritischen Verlust der biologischen Vielfalt und der Ökosystemleistungen hinweist. Für jedes der übergeordneten Ziele standen jeweils 1-5 Arbeitspakete und Task Forces zur Verfügung, die Beiträge des Arbeitsprogrammes definierten und konkretisierten. Die Schlussberichte wurden abschließend mit den Regierungsdelegationen abgestimmt. Das erste Arbeitsprogramm wurde im Mai 2019 auf der siebten IPBES-Plenarsitzung (IPBES-7) durch ein neues, bis 2030 gültiges und flexibles Arbeitsprogramm abgelöst. Dabei blieben die Kernziele erhalten, jedoch wurde das Arbeitsprogramm wesentlich angepasst und anhand der gesammelten Erfahrungen weiterentwickelt.