Die Keimbahntherapie zur Vermeidung der Weitergabe schwerwiegender Erbkrankheiten wird unter anderem im Hinblick auf mögliche, später erst auftretende Schädigungen bei den Personen, deren DNA genetisch modifiziert wurde, kontrovers diskutiert. Stellenweise wird daher gefordert, ihre Anwendung nur in solchen Fällen zu erwägen, in denen keine alternativen Behandlungsmöglichkeiten bestehen. Eine mögliche Alternative zur Vermeidung der Weitergabe schwerwiegender Erkrankungen stellt dabei die Präimplantationsdiagnostik (PID) dar. Eine ausführliche Darstellung der Methoden, Regulierungen und ethischen Aspekte der PID bietet der Blickpunkt Präimplantationsdiagnostik.

Inwiefern die PID eine gleichberechtigte Alternative zu den Möglichkeiten einer Behandlung mithilfe der Genomeditierung darstellt, ist umstritten. So impliziert unter anderem die PID das Verwerfen derjenigen Embryonen, die als Träger:innen einer schwerwiegenden Erbkrankheit ausgemacht werden konnten, da die PID lediglich selektieren, im Gegensatz zur Genomeditierung aber nicht kurativ eingreifen kann. Allerdings erfordert nach dem gegenwärtigen Stand der Forschung eine mögliche Keimbahnintervention auch die anschließende Durchführung einer PID, mithilfe derer die erfolgreiche Durchführung der genetischen Editierung geprüft werden soll.