Im Gegensatz zu Empfehlungen und Stellungnahmen sind Richtlinien, Verordnungen und Entscheidungen für EU-Mitgliedstaaten rechtlich verbindlich. Während Verordnungen und Entscheidungen unmittelbar in den EU-Mitgliedstaaten gelten und angewendet werden müssen, formulieren Richtlinien lediglich eine Zielvorgabe, bei denen es den EU-Mitgliedstaaten überlassen ist, wie sie diese Zielvorgabe in das jeweilige nationale Recht umsetzen. Der Kern des europäischen Gentechnikrechts besteht aus drei EU-Richtlinien:

1. Systemrichtlinie (2009/41/EG)
2. Freisetzungsrichtlinie (2001/18/EG)
3. Opt-out-Richtlinie (EU) 2015/412

Die Systemrichtlinie regelt den Umgang mit gentechnisch veränderten Organismen (GVO) und Mikroorganismen innerhalb gentechnischer Anlagen (wie z. B. Laboren). Die Freisetzungsrichtlinie („Freisetzung” bezeichnet die (örtlich und zeitlich begrenzte) Ausbringung von GVO in die Umwelt) betrifft zusätzlich zu Organismen und Mikroorganismen auch Tiere sowie Pflanzen und regelt die Bedingungen für Feldversuche und bestimmte Formen des Inverkehrbringens (die wirtschaftliche Nutzung von GVO). Die Opt-out-Richtlinie wiederum ergänzt die Freisetzungsrichtlinie um eine Ausstiegsklausel, die es den Mitgliedstaaten ermöglicht, den Anbau gentechnisch veränderter Pflanzen auch unabhängig von Gesundheits- und Umweltgefahren zu untersagen. Mitgliedstaaten können dabei sowohl während des Zulassungsverfahren des GVO ein Anbauverbot auf ihrem Hoheitsgebiet bei der EU-Kommission beantragen, als auch nach einer bereits erteilten Anbaugenehmigung deren Rücknahme oder Einschränkung erwirken.