Im Bereich der Mikroorganismen werden gentechnische Verfahren, die zur Herstellung von Lebensmitteln geeignet sind, insbesondere bei Bakterien (z. B. Starterkulturen bei Milchprodukten, Enzymproduktion) und Hefepilzen (z. B. beim Bierbrauen) eingesetzt.

Bei der Käseproduktion hat sich inzwischen die Verwendung des gentechnisch hergestellten Enzyms Chymosin etabliert. Um aus Milch Käse zu erhalten, wird ihr zur Verdickung Labferment zugesetzt, das traditionell beim Schlachten aus Kälbermägen gewonnen wird. Der Hauptwirkstoff des Labferments ist Chymosin. Derzeit stehen keine anerkannten Nachweisverfahren zur Verfügung, um gentechnisch hergestelltes Chymosin in der Molke nachzuweisen.

Ein Einsatz gentechnisch veränderter Hefen oder gentechnisch hergestellter Enzyme ist auch beim Bierbrauen denkbar. Bei Bieren, die nach dem deutschen Reinheitsgebot von 1516 gebraut sind, welches vorsieht, dass Bier lediglich aus den Zutaten Wasser, Hopfen, Malz und Hefe hergestellt werden darf, ist jedoch derzeit eine unmittelbare Nutzung gentechnischer Verfahren ausgeschlossen. In Deutschland ist die Verwendung isolierter Enzyme beim Brauprozess nicht zulässig. Insofern bei ausländischen Bieren Enzyme eingesetzt werden, können diese gentechnisch hergestellt sein. Veränderungen – das gilt auch für gentechnische Verfahren – an der Hefe zur Leistungssteigerung sind hingegen mit dem Reinheitsgebot vereinbar. Es sind verschiedene gentechnisch veränderte Hefen bis zur Praxisreife entwickelt worden, vor allem für alkohol- oder kalorienarme Biere, die bislang allerdings kaum eingesetzt werden, da deutsche Brauereien entsprechend des Reinheitsgebots hierauf verzichten wollen.

Details zum Deutschen Reinheitsgebot sowie der Anwendung von Gentechnik beim Prozess des Bierbrauens finden sich etwa hier: