Untersuchungen haben gezeigt, dass Honig oft Spuren von gentechnisch veränderten Organismen enthält. Da der Flugradius von Bienen mehrere Kilometer beträgt, ist die Gefahr, dass diese den Pollen von gentechnisch veränderten Pflanzen aufsammeln und den Honig so verunreinigen, sehr hoch.

Das Verwaltungsgericht Augsburg urteilte im Mai 2008, dass Honig, in welchem Blütenpollen des gentechnisch veränderten Maises MON810 nachgewiesen wird, nicht verkehrsfähig ist. Da MON810 in der EU nur als Futter- jedoch nicht als Lebensmittel zugelassen ist, dürfen die Imker*innen den durch gentechnisch veränderte Pflanzen verunreinigten Honig weder verkaufen noch verschenken, sondern müssen diesen entsorgen lassen. 

Im September 2011 urteilte der Europäische Gerichtshof (EuGH) im sogenannten Honigurteil, dass einerseits Pollen in Honig als Zutat (und nicht als natürlicher Bestandteil) anzusehen sei und andererseits Honig mit Pollen gentechnisch veränderter Pflanzen der Kennzeichnungspflicht gentechnisch veränderter Lebensmittel unterliege. Im Januar 2014 hat jedoch das EU-Parlament einer Änderung der sogenannten Honigrichtlinie zugestimmt, der zufolge Pollen wieder nur als ein natürlicher Bestandteil von Honig und nicht als Zutat angesehen wird. Verbraucherschutzverbände und insbesondere Imker*innenverbände kritisierten die Richtlinienänderung.