Die Bundesärztekammer (BÄK) ist eine Arbeitsgemeinschaft der 17 Landesärztekammern und somit ein Zusammenschluss von Körperschaften öffentlichen Rechts. Im Transplantationswesen nimmt die Bundesärztekammer zwei zentrale Aufgaben wahr. Zum einen wurde sie gesetzlich beauftragt, den Erkenntnisstand der medizinischen Wissenschaft festzustellen und in Richtlinien zu überführen. Zum anderen gehört sie zum Kreis der Auftraggebenden von Koordinierungs- und Vermittlungsstelle und infolgedessen zu der unabhängigen Prüf- und Überwachungskommission, die die Einhaltung der Richtlinien kontrolliert. Kernprinzip des deutschen Transplantationsorganisationsrechts ist somit die Idee der „regulierten Selbstregulierung“. 

Im Zuge der 2012 bekanntgewordenen Regelverstöße bei der Organvergabe forderten Patient*innenschutzorganisationen die Einrichtung eines staatlichen Organspende- und Verteilungssystems mit dem Argument, dass es bei der derzeitigen Praxis weder eine rechtsstaatliche Kontrolle noch Rechtsschutzmöglichkeiten für zu behandelnde Personen gebe. Die Politik lehnt es jedoch derzeit ab, das Transplantationswesen in staatliche Hände zu geben. Allerdings müssen die Richtlinien, nach denen Herzen, Lungen, Lebern, Nieren oder Bauchspeicheldrüsen vergeben werden, zukünftig vom Bundesgesundheitsministerium genehmigt werden. Zudem wurde bei der Bundesärztekammer die unabhängige Vertrauensstelle „Transplantationsmedizin“ eingerichtet. Ihre Aufgabe ist es, vertrauliche Hinweise auf Unregelmäßigkeiten und Auffälligkeiten im Bereich der Organspende und der Organtransplantation entgegenzunehmen und deren Klärung einzuleiten. Die Vertrauensstelle ist unabhängig von den Strafverfolgungsbehörden.

Die Bundesärztekammer hat Richtlinien zur Aufnahme in die Warteliste für den Empfang gespendeter Organe formuliert. Diese legen fest, dass eine kranke Person nur dann in die Warteliste aufgenommen wird, wenn

1. eine andere Therapie keinen Erfolg mehr verspricht,
2. die Erkrankung des eigenen Organs mit Sicherheit in eine schwere, lebensbedrohliche Erkrankung münden wird oder ein solches Krankheitsstadium bereits eingetreten ist und
3. wenn die Personen nach einer erfolgreichen Transplantation mit hoher Wahrscheinlichkeit länger und besser leben wird als ohne diesen Eingriff.

Als Gründe für die Ablehnung einer Aufnahme in die Warteliste werden Krankheiten angeführt, die einen Transplantationserfolg kurz- oder längerfristig gefährden, so unter anderem nicht kurativ behandelte bösartige Erkrankungen, klinisch manifeste Infektionserkrankungen, HIV-Infektionen sowie schwerwiegende Erkrankungen anderer Organe. Auch bestehender schwerer Nikotin-, Alkohol- oder sonstiger Drogenkonsum werden als Kontraindikationen zur Aufnahme in die Warteliste genannt, wobei stets der körperliche und seelische Gesamtzustand der Personen gewürdigt und eingeschätzt werden soll. Notwendige Bedingung für die Zuteilung eines gespendeten Organs ist ferner, dass der Gesundheitszustand der empfangenden Person stabil genug für die Operation ist und dass sie einer anschließenden, dauerhaften medikamentösen Behandlung zugestimmt hat (Compliance). Vor allem Letzteres wird in ethischer Perspektive diskutiert: Obschon die regelmäßige Einnahme von Immunsuppressiva im Anschluss an die Transplantation Voraussetzung für den dauerhaften Erfolg der Behandlung ist, könnte es aus ethischer Sicht unangemessen sein, Noncompliance als Kontraindikation zu klassifizieren.
Gem. § 16 des TPG sind ärztliche Fachpersonen verpflichtet, den Richtlinien der Bundesärztekammer zur Aufnahme in die Warteliste zu folgen.